Estepi

Autor: Estefania Mancini

  • RNA-Seq: From FASTQ to Counts

    As a bioinformatician, the most common request I receive is to analyze sequencing data.  I prepared this seminar focused on the recommendations I would love to have when I’ve started on this path.

    Whether you’re working with private or public data, here’s the workflow I always recommend:

    ✅ Set up a clean project folder from day one

    ✅ Estimate your file sizes and check storage & compute capacity

    ✅ Retrieve your raw data (private or public sources)

    ✅ Run QC — non-negotiable

    ✅ Launch your NGS pipeline of choice

    💡 Pro tip: always run the full pipeline on a single sample first to benchmark time and resources.

    If you’re not sure where to begin, let’s talk. Book a free 30-minute call and we’ll design a plan tailored to your data and goals.

    🔗 https://instats.org/seminar/rna-seq-from-fastq-to-counts-1

    📩 DM me for a personal discount on the seminar

    contact@estepi.com

  •  𝐅𝐀𝐈𝐑 𝐝𝐚𝐭𝐚 𝐦𝐚𝐧𝐚𝐠𝐞𝐦𝐞𝐧𝐭 𝐚𝐧𝐝 𝐀𝐠𝐢𝐥𝐞 𝐩𝐫𝐚𝐜𝐭𝐢𝐜𝐞𝐬

    As a bioinformatician, I’ve seen firsthand how integrating Open Science principles 𝒆𝒔𝒑𝒆𝒄𝒊𝒂𝒍𝒍𝒚 𝑭𝑨𝑰𝑹 𝒅𝒂𝒕𝒂 𝒑𝒓𝒂𝒄𝒕𝒊𝒄𝒆𝒔 can significantly boost quality and productivity in research projects.

    It’s true that at the beginning there is a significant initial investment of time and effort. But when you reach 𝐩𝐮𝐛𝐥𝐢𝐜𝐚𝐭𝐢𝐨𝐧 𝐭𝐢𝐦𝐞 and resources, energy, and budget become limited—that early investment pays off… exactly the opposite of traditional approaches.

    If your team feels stuck and you want to implement FAIR principles with Agile methodologies in your bioinformatics workflows, I’d be happy to help. Let’s schedule a free 30-minute call to design a clear plan and innovate together.

    💡 Bonus: DM me for an exclusive 𝐝𝐢𝐬𝐜𝐨𝐮𝐧𝐭 on the seminar!

    ✉️ 𝐜𝐨𝐧𝐭𝐚𝐜𝐭@𝐞𝐬𝐭𝐞𝐩𝐢.𝐜𝐨𝐦

    🔗 https://instats.org/seminar/fair-data-practices-with-r-git-and-agile-1

  • Introduction to Bioinformatics for Genomics

    𝐀𝐫𝐞 𝐰𝐞 𝐟𝐚𝐜𝐢𝐧𝐠 𝐚 5𝐭𝐡 𝐧𝐚𝐫𝐜𝐢𝐬𝐬𝐢𝐬𝐭𝐢𝐜 𝐰𝐨𝐮𝐧𝐝 𝐰𝐢𝐭𝐡 𝐭𝐡𝐞 𝐫𝐢𝐬𝐞 𝐨𝐟 𝐠𝐞𝐧𝐞𝐫𝐚𝐭𝐢𝐯𝐞 𝐀𝐈?

    I couldn’t resist bringing this question into my first seminar on the instats platform, where I introduced key bioinformatics methods for analyzing sequencing and genomics data, celebrating 25 years since the first publication of the human genome sequence.

    instats is a mission-driven organization devoted to improving multidisciplinary research practices globally and I’m proud to be part of their community. 

    For those who missed it, the seminar is free and available online

    And as always say: the more you share what you know, the more you realize how much more there is to learn.

  • Sociólogos al rescate

    Cómo se elaboran encuestas para evitar los sesgos en la colección de datos demográficos?

    📻 Nuevo episodio de Activismo de Datos en femiñetas Radio con Florencia Coll 

    En esta nueva edición de Activismo de datos, hablamos entre otras cosas del concepto de 

    la importancia de  desagregar en el análisis de datos sociológicos

    ¿Con esto suficiente o hay que plantear hipótesis diferentes?

    Lo prometido es deuda. Trajimos a nuestra primera invitada a la columna y aprendimos un montón. El privilegio es nuestro

    Nos quedamos con ganas de saber más y con la promesa de volver pronto cuando tenga nuevos los resultados de sus  líneas de trabajo actuales.

    ⚠️ Activismo de Datos es una columna mensual con eje en sensibilizar sobre el uso responsable de las nuevas tecnologías: 

     → Sesgos en la colección de datos (especialmente de género)

     → Sostenibilidad y costo energético

     → Confiabilidad de los modelos de IA

     → Soberanía de datos.. etc

    🕒 Escuchanos en vivo:

     📍 Martes de 15 a 16 h en El Prat Radio 91.6

     📍 Domingos de 19 a 20 h en Universidad Nacional de Rosario 103.3

  • Juramento hipocrático para la IA

    ¿Estamos en condiciones de poder pensar una ética para el uso de la IA?

    📻 Nuevo episodio de Activismo de Datos en femiñetas Radio con Florencia Coll 

    En esta nueva edición de Activismo de datos, hablamos entre otras cosas del concepto de techwashing, de explainability de los modelos de IA de  la estruendosa salida de Anthropic y la entrada de OpenAI al Departamento de Defensa de EE. UU. 

    Se nos quedan cortos los programas cuando hay tantas cosas para comentar. Las noticias nos llegan de todos sitios sobre estas nuevas preguntas

    ⚠️ Activismo de Datos es una columna mensual con eje en sensibilizar sobre el uso responsable de las nuevas tecnologías: 

     → Sesgos en la colección de datos (especialmente de género)

     → Sostenibilidad y costo energético

     → Confiabilidad de los modelos de IA

     → Soberanía de datos.. etc

    🕒 Escuchanos en vivo:

     📍 Martes de 15 a 16 h en El Prat Radio 91.6

     📍 Domingos de 19 a 20 h en Universidad Nacional de Rosario 103.3

    🔗 Online (desde minuto 23) 

    📢 ¡Agradecemos difusión y comentarios para seguir pensando juntxs cómo convivir con esta realidad datificada!

    🎉 Próximo capítulo tenemos invitada especial

  • Mujeres intrépidas que cambiaron el mundo 

    Cada segundo martes de octubre celebramos el Día de Ada Lovelace, una fecha dedicada a reconocer y honrar las contribuciones de las mujeres en las disciplinas STEM (ciencia, tecnología, ingeniería y matemáticas).

    Ada Lovelace, considerada la primera programadora del mundo, sigue inspirando a generaciones enteras. Su nombre resuena hoy en eventos sobre mujeres en tecnología y cada vez más en espacios más amplios, recordándonos la importancia de la diversidad en la innovación científica y tecnológica

    En este episodio trajimos el  libro ilustrado Mujeres de ciencia: 50 intrépidas mujeres que cambiaron el mundo de Rachel Ignotofsky. Un precioso y recomendado libro ilustrado para niñxs y adultxs que  pone de relieve las contribuciones de cincuenta mujeres notables a los campos de la ciencia, la tecnología, la ingeniería y las matemáticas, desde el mundo antiguo hasta nuestros días.

    🎙 Activismo de Datos es una columna mensual de radio femiñetas con Florencia Coll y Javiera Tapia Torra. El eje en sensibilizar y tomar acción frente a esta realidad datificada:

    → Sesgos en la colección de datos (especialmente de género)

    → Sostenibilidad y costo energético

    → Confiabilidad de los modelos de IA

    → Soberanía de datos… etc

    🕒 En vivo:

    📍 Martes de 15 a 16 h en El Prat Radio 91.6 (Barcelona, Esp)

    📍 Domingos de 19 a 20 h en Universidad Nacional de Rosario 103.3 (Rosario, Arg)


  • Uso responsable de la IA

    no se trata de no usar IA, sino de usarla con responsabilidad

    En esta nueva edición de Activismo de datos, hablamos entre otras cosas del concepto de sesgo y cómo se origina en el caso de los algoritmos más conocidos de la IA

    Todos tenemos sesgos y uno de los  míos es ser optimista. Ya hay muchas personas y colectivos que están trabajando para mitigar los efectos negativos de la IA.

    🎙 Activismo de Datos es una columna mensual con eje en sensibilizar y tomar acción frente a esta realidad datificada

     → Sesgos en la colección de datos (especialmente de género)

     → Sostenibilidad y costo energético

     → Confiabilidad de los modelos de IA

     → Soberanía de datos.. etc

    🕒 Escuchanos en vivo:

     📍 Martes de 15 a 16 h en El Prat Radio 91.6

     📍 Domingos de 19 a 20 h en Universidad Nacional de Rosario 103.3

  • La mujer invisible

    𝘌𝘯 𝘶𝘯 𝘮𝘶𝘯𝘥𝘰 𝘥𝘰𝘯𝘥𝘦 𝘴𝘦 𝘷𝘦 𝘭𝘰 𝘮𝘢𝘴𝘤𝘶𝘭𝘪𝘯𝘰 𝘤𝘰𝘮𝘰 𝘶𝘯𝘪𝘷𝘦𝘳𝘴𝘢𝘭, 𝘭𝘰 𝘧𝘦𝘮𝘦𝘯𝘪𝘯𝘰 𝘦𝘴 𝘢𝘵í𝘱𝘪𝘤𝘰

    Comentamos los primeros capítulos del bestseller “La mujer invisible” de Caroline Criado Perez, donde se introduce el potente concepto de sesgo de datos de género.

    ¿Sabías que muchas decisiones que afectan nuestra vida cotidiana —como el diseño de baños públicos, el recorrido del transporte, o la temperatura del aire acondicionado— están basadas en datos que priorizan al “varón promedio”?

    En la diversidad está la solución.  Cuando se miran los datos con una perspectiva inclusiva en la la toma de decisiones hay cambios drásticos y positivos para toda la sociedad

    🎙 Activismo de Datos es una columna mensual con eje en sensibilizar y tomar acción frente a esta realidad datificada

     → Sesgos en la colección de datos (especialmente de género)

     → Sostenibilidad y costo energético

     → Confiabilidad de los modelos de IA

     → Soberanía de datos … etc

    🕒 Escuchanos en vivo:

     📍 Martes de 15 a 16 h en El Prat Radio 91.6

     📍 Domingos de 19 a 20 h en Universidad Nacional de Rosario 103.3

    lamujerinvisible_tapa

  • Activismo de datos

    El eje es sensibilizar y tomar acción en esta realidad datificada que estamos viviendo. Sesgos en la colección de datos (especialmente de género), costo energético y sostenibilidad, confiabilidad en los modelos de IA, soberanía de datos, novedades tech, entre otros temas serán los protagonistas de la columna. 

    Sale 1 vez por mes.

    martes de 15 a 16 h en El Pràt Radio 91.6

    domingos de 19 a 20 h en Radio Universidad Nacional de Rosario 103.3 

  • La relevancia de la bioinformática en el proyecto genoma humano

    Los avances en bioinformática para acompañar el proyecto genoma humano fueron indispensables para su ejecución. Hasta el presente seguimos utilizando las herramientas y recursos que se desarrollaron en esa época.

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